Gli anni ’90 per Blue System si caratterizzarono per una florida attività di produzione di software proprietario affiancata a servizi di installazione e manutenzione. Venivano commercializzati gli IBM As400 e vari altri hardware.

Di quegli anni la creazione e la diffusione di Baseuro, gestionale su As400 ricco di verticalizzazioni (mondo automotive, fashion e retail in primis), curato e seguito con una solidità tale che tuttora è apprezzato nei ricordi dei vari utilizzatori. Tale soluzione rimase attiva, con le sue evoluzioni, fino al 2010.
Assieme a Baseuro venivano realizzate procedure personalizzate di vario tipo che rappresentavano un forte valore aggiunto per i clienti.

Questi ultimi erano seguiti a 360 gradi da Blue System che curava il lato sistemistico, allora rivolto alle prime reti e tutta la dotazione hardware da configurare a manutenere.

Nella seconda metà degli anni ’90 vi fu un ingresso, poi nel tempo risultato estremamente importante, di Blue System nel mondo della sanità. Furono realizzati dei software di gestione del laboratorio di analisi che poi ebbero un successo ventennale.